Translate

Selasa, 16 Desember 2014

JURNAL BIOSISTEMATIKA
PENYUSUNAN POHON FILOGENI HEWAN CRANIATA



Penyusun:
Sunali Agus Eko P.     081211431125
Tarini                           081211431126
Machshushiyah  M.     081211431133
Hadi Ahmad Fauzy    081211431136
Muhammad Nadhif    081211432003
Syarifudin Rosyad      081211432008

Dosen pembimbing:
Prof. Dr. Bambang Irawan, M. Sc.


DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS AIRLANGGA
2014

PENYUSUNAN POHON FILOGENI HEWAN CRANIATA
Sunali Agus E.P., Tarini, Machshushiyah M., Hadi Ahmad F., Muhammad Nadhif, Syarifudin R.
Departement of Biology, Faculty of Science and Technology, Airlangga University
 Kampus C UA, Mulyorejo Surabaya 60115, Indonesia
Email:
muhammad.nadhif-12@fst.unair.ac.id
ABSTRACT
The degree to which the ontogeny of organisms could facilitate our understanding of phylogenetic relationships has long been a subject of contention in evolutionary biology. The famed notion that ‘ontogeny recapitulates phylogeny’ has been largely discredited, but there remains an expectation that closely related organisms undergo similar morphological transformations throughout ontogeny. To test this assumption, we used three-dimensional geometric morphometric methods to characterize the cranial morphology of 11 craniata species and construct allometric trajectories that model the post-natal ontogenetic shape changes. Using time-calibrated molecular and morphological trees, we employed a suite of comparative phylogenetic methods to assess the extent of phylogenetic signal in these trajectories. All analyses largely demonstrated a lack of significant phylogenetic signal, indicating that ontogenetic shape changes contain little phylogenetic information. Notably, some Mantel tests yielded marginally significant results when analysed with the morphological tree, which suggest that the underlying signal in these trajectories is correlated with similarities in the adult cranial morphology. However, despite these instances, all other analyses, including more powerful tests for phylogenetic signal, recovered statistical and visual evidence against the assumption that similarities in ontogenetic shape changes are commensurate with phylogenetic relatedness and thus bring into question the efficacy of using allometric trajectories for phylogenetic inference.

Keywords: Phylogenetic, evolutionary, morphological, cranial


PENGANTAR
Di Laboratorium FST Universitas Airlangga memiliki koleksi beberapa macam tengkorak dari kelompok tetrapoda. Dari berbagai macam tengkorak tersebut belum pernah dicari kekerabatannya. Untuk itu akan dicari hubungan kekerabatan kelompok tetrapoda tersebut berdasarkan tengkoraknya.
Metode yang digunakan untuk mencari hubungan kekerabatan ini yaitu metode kladistik yang dilanjutkan dengan pembuatan kladogram. metode kladistik kekerabatan tersebut berdasarkan dengan banyaknya karakter derivat yang sama. Dengan demikian setiap karakter hanya dibandingkan dengan karakter yang homolog, selanjutnya ditentukan apakah karakteristiknya bersifat derivat atau bukan. Suatu karakteristik derivat disebut apomorfi, sedangkan untuk karakteristik nenek moyang disebut plesiomorfi.
Selanjutnya kladogram yang sudah jadi akan diparsimoni berdasarkan bukti geologi, bukti paleontologi, dan bukti literatur yang akan menjadi pohon filogeni.
Tengkorak yang dicari hubungan kekerabatannya yaitu fosil neandertal, orang utan, monyet, kelelawar, lembu, buaya, tuatara, amphibi, penyu, platipus, dengan takson tamu yaitu ikan moray.
BAHAN DAN CARA KERJA
            Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini yaitu Platypus, Penyu, Amphibia, Tuatara, Buaya, Lembu, Kelelawar, Monyet, Orang Utan, Fosil Nanderthal dan takson tamu berupa Ikan Moray.
DESKRIPSI

Ikan Moray
Ikan Moray sudah memiliki gigi, homodont. Dahinya berbentuk horizontal, progantia sangat panjang, dagunya tidak berkembang. Mata berada di samping, tulang pipinya datar, tulang nasalnya besar, os supraoccipital pada Ikan Moray kecil, foramen oksipital magnum mengarah keposterior, tidak meiliki condilus occipitalis, palatumnya tidak menutup. Atap tengkorak Ikan Moray tidak mempunyai hiasan.

Tuatara
            Tuatara termasuk dalam suatu kelompok animalia yang mempunyai gigi yang bertipe homodont tetapi tidak mempunyai caninus (gigi taring). Dahinya bersifat horizontal dengan progantia (moncong) yang normal (tidak panjang ataupun mereduksi) dan dagu yang tidak berkembang. Matanya terletak disamping dengan tulang pipi yang datar/ rata dan tulang nasal yang mereduksi. Os Supraoccipitalnya kecil, condylus occipitalisnya berjumlah dua dengan foramen occipital magnum yang menuju ke posterior, tetapi untuk penutupan palatumnya yaitu tidak rapat dan atap tengkoraknya tanpa mahkota.

Buaya
            Buaya termasuk dalam suatu kelompok animalia purba yang masih hidup sampai sekarang. Hewan ini mempunyai gigi besar yang bertipe homodont tetapi tanpa caninus (gigi taring). Dahinya bersifat landai dengan progantia (moncong) yang sangat panjang dan dagu yang tidak berkembang. Matanya terletak disamping dengan tulang pipi yang datar/ rata dan tulang nasal yang besar. Os Supraoccipitalnya kecil, tidak mempunyai condylus occipitalis tetapi mempunyai foramen occipital magnum yang menuju ke posterior, dan untuk penutupan palatumnya yaitu tidak rapat dan atap tengkoraknya tanpa mahkota.

Lembu
        Lembu merupakan suatu kelompok animalia yang mempunyai gigi yang bertipe homodont tetapi caninusnya (gigi taringnya) tidak ada. Dahinya bersifat horizontal dengan progantia (moncong) yang sangat panjang tetapi dagunya tidak berkembang. Matanya terletak disamping dengan tulang pipi yang datar/ rata dan tulang nasal yang mereduksi. Os Supraoccipitalnya besar dan condylus occipitalisnya berjumlah satu dengan foramen occipital magnum yang menuju ke arah posterior, tetapi untuk penutupan palatumnya tidak rapat dan pada atap tengkoraknya tidak terdapat mahkota.

Kelelawar
         Kelelawar termasuk dalam suatu kelompok animalia yang bisa terbang karena mengembangkan tungkai depannya dan termasuk hewan malam yang tidak sangat peka terhadap cahaya, hewan ini mempunyai gigi yang bertipe heterodont dengan caninus (gigi taring) yang besar. Dahinya bersifat horizontal dengan progantia (moncong) yang normal (tidak panjang ataupun mereduksi) tetapi dagunya tidak berkembang. Matanya terletak dimuka dengan tulang pipi yang datar/ rata dan tulang nasal yang besar. Os Supraoccipitalnya kecil dan condylus occipitalisnya berjumlah dua dengan foramen occipital magnum yang menuju ke arah posterior, dan untuk penutupan palatumnya yaitu tertutup rapat serta atap tengkoraknya mempunyai hiasan atau crest.

Monyet
            Monyet termasuk dalam suatu kelompok primata yang mempunyai 4 tungkai seperti manusia yaitu 2 tungkai bagian superior (tangan) dan 2 lagi merupakan bagian inferior (kaki) yang digunakan untuk jalan. Hewan ini  mempunyai gigi yang bertipe heterodont dengan caninus (gigi taring) yang besar. Dahinya bersifat horizontal dengan progantia (moncong) yang berkurang atau tidak ada dan dagu yang berkembang. Matanya terletak dimuka dengan tulang pipi yang menonjol dan tulang nasal yang mereduksi. Os Supraoccipitalnya kecil dan condylus occipitalisnya berjumlah dua dengan foramen occipital magnum yang menuju ke arah ventral, dan penutupan palatumnya yaitu tertutup rapat serta pada atap tengkoraknya tidak mempunyai atau tidak terdapat mahkota.

Orang utan
            Orang utan termasuk dalam suatu kelompok primata besar yang seperti manusia yaitu mempunyai 4 tungkai yaitu 2 tungkai bagian superior (tangan) dan 2 lagi merupakan bagian inferior (kaki) yang digunakan untuk jalan. Hewan ini  mempunyai gigi yang bertipe heterodont dengan caninus (gigi taring) yang besar. Dahinya bersifat vertikal dengan progantia (moncong) yang normal (tidak panjang ataupun mereduksi) dan dagu yang berkembang. Matanya terletak dimuka dengan tulang pipi yang menonjol dan tulang nasal yang mereduksi. Os Supraoccipitalnya kecil dan condylus occipitalisnya berjumlah dua dengan foramen occipital magnum yang menuju ke ventral, dan penutupan palatumnya yaitu tertutup rapat serta pada atap tengkoraknya mempunyai hiasan atau krest.

Fosil Neanderthal
            Fosil Neanderthal ini mempunyai gigi yang bertipe heterodont dengan caninus (gigi taring) yang kecil. Dahinya bersifat horizontal dengan progantia (moncong) yang normal (tidak panjang ataupun mereduksi) dan dagu yang berkembang. Matanya terletak dimuka dengan tulang pipi yang menonjol dan tulang nasal yang mereduksi. Os Supraoccipitalnya kecil dan condylus occipitalisnya berjumlah dua dengan foramen occipital magnum yang mengarah ke ventral, dan penutupan palatumnya yaitu tertutup rapat serta pada atap tengkoraknya tidak mempunyai mahkota.


CONTOH PROPOSAL SKRIPSI

BAB I
PENDAHULUAN
1.1       Latar Belakang
Istilah mangrove dalam bahasa Inggris digunakan baik untuk komunitas tumbuhan yang tumbuh di daerah jangkauan pasang surut maupun untuk individu-individu species tumbuhan yang menyusun komunitas tersebut. Komunitas beberapa tumbuhan tersebut membentuk sebuah ekosistem yang disebut hutan mangrove. Hutan mangrove adalah hutan yang terutama tumbuh pada tanah lumpur aluvial di daerah pantai dan muara sungai yang dipengaruhi pasang surut air laut. Oleh karena itu, mangrove sering disebut juga hutan pasang surut, bisa juga hutan payau atau hutan bakau.
Di Indonesia, ekosistem hutan mangrove mudah kita jumpai. Hal ini dikarenakan sebagian besar wilayah Indonesia terdiri atas laut. Sehingga dalam hal ini Indonesia memiliki banyak pesisir atau pantai. Salah satunya adalah Kabupaten Gresik. Perlu diketahui bahwa daerah ini merupakan salah satu kota di Indonesia yang terletak pada pesisir pantai timur Jawa yang memilik perkembangan indistri yang pesat.
Tetapi, hampir 60% hutan mangrove di Kabupaten Gresik sudah dialih-fungsikan menjadi pabrik-pabrik yang membuat polusi dimana-mana. Meskipun pemerintah daerah sudah mengeluarkan Undang-Undang yang berkaitan dengan perusakan hutan di Kabupaten Gresik tetapi dalam pelaksanaannya gambar hutan bakau undang-undang tersebut kurang efektif. Jumlah yang rusak hutan di kota ini semakin lama semakin sedikit termasuk hutan bakaunya. Seiring dengan berkurangnya habitat mangrove di Gresik akibat pesatnya pembangunan, perlu adanya data lengkap tentang keanekaragaman mangrove yang dapat menunjang upaya konservasi, sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengelolaan dan pemantauan lingkungan.
Hutan mangrove yang berada ada di Ujungpangkah memiliki peran dalam transport sedimen yang cukup besar dari sungai Bengawan Solo yang bermuara di Laut Jawa, tetapi lambat laun daerah tersebut membentuk tanah yang terus maju kelaut (tanah oloran) hal ini semakin dipercepat dengan pantai yang landai dengan ombak yang tenang. Pada tahun 70-an kawasan ini merupakan belantara mangrove yang menyimpan keanekaragaman hayati tinggi, hal ini terbukti dengan digunakannya daerah ini sebagai daerah persinggahan burung pengembara (migran) yang berasal dari benua eropa menuju Australia, tempat tinggal dari puluhan jenis burung air diantaranya kuntul (Egretta alba), Bangau Tongtong (Leptoptilos javanicus), Belibis kembang (Dendrocygna arquata), Pecuk ular (Anhinga melanogaster), dan jenis burung air lainnya, namun sekarang karena semakin bertambah banyaknya jumlah manusia di Jawa Timur keberadaan mangrove digantikan oleh lahan-lahan yang memenuhi kebutuhan hidup manusia seperti tambak udang dan bandeng, pemukiman, tempat rekreasi, pelabuhan laut, pemukiman dan sawah. Tetapi, di wilayah Gresik sebagian besar mangrovenya telah direklamasi menjadi kawasan pergudangan dan industri yang membawa dampak buruk terhadap kualitas lingkungan pesisir karena sebenarnya wilayah ini merupakan satu kesatuan wilayah yang memiliki satu fungsi ekosistem yang mendukung kualitas perairan di Utara Jawa Timur sehingga peruntukkan dan pemanfaatannya tidak dapat dipisahkan menurut daerah administrasi, ditambah lagi tidak ada instansi atau Dinas di lingkungan Pemerintah Kabupaten Gresik yang berwenang terhadap pengelolaan kawasan mangrove sehingga mengakibatkan lepasnya pengawasan apabila terjadi perambahan kayu mangrove.
1.2       Rumusan Masalah
1.2.1  Bagaimana tingkat keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah?
1.2.2      Bagaimana analisis vegetasi dan indeks keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah?
1.2.3      Bagaimana pengaruh variable kerapatan relatif dan analisis vegetasi terhadap Indeks Keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah?
1.3       Tujuan Penelitian
1.3.1   Untuk mengetahui tingkat keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah.
1.3.2       Untuk menentukan analisis vegetasi dan indeks keanekaragaman  Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah.
1.3.3       Untuk mengetahui pengaruh variable kerapatan relatif dan analisis vegetasi terhadap Indeks Keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah.
1.4       Hipotesis
1.4.1        Hipotesis Kerja
Semakin tinggi variabel kerapatan relatif dalam analisis vegetasi maka semakin tingi pula indeks keanekaragaman Mangrove di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah.
1.4.2        Hipotesis Statistik
H0: Tidak ada korelasi antara variabel kerapatan relatif dengan indeks keanekaragaman.
H1:    Ada korelasi antara variabel kerapatan relatif dengan indeks keanekaragaman.
1.5       Variabel
1.5.1        Variabel bebas       : kerapatan relatif
1.5.2        Variabel kontrol    : sebaran Mangrove di muara sungai Bengawan
Solo Ujungpangkah
1.5.3        Variabel terikat     : indeks keanekaragaman 

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1       Mangrove
A.    Ekologi Mangrove
Kata mangrove adalah kombinasi antara bahasa Portugis mangue dan bahasa Inggris grove (Macneae, 1968). Adapun dalam bahasa Inggris kata mangrove digunakan untuk menunjuk komunitas tumbuhan yang tumbuh di daerah jangkauan pasang-surut maupun untuk individu-individu spesies tumbuhan yang menyusun komunitas tersebut. Sedangkan dalam bahasa portugis kata mangrove digunakan untuk menyatakan individu spesies tumbuhan, sedangkan kata mangal untuk menyatakan komunitas tumbuhan tersebut.
Menurut Snedaker (1978), hutan mangrove adalah kelompok jenis tumbuhan yang tumbuh di sepanjang garis pantai tropis sampai sub tropis yang memiliki fungsi istimewa di suatu lingkungan yang mengandung garam dan bentuk lahan berupa pantai dengan reaksi tanah an-aerob. Adapun menurut Aksornkoe (1993), hutan mangrove adalah tumbuhan halofit (tumbuhan yang hidup pada tempat-tempat dengan kadar garam tinggi atau bersifat alkalin) yang hidup disepanjang areal pantai yang dipengaruhi oleh pasang tertinggi sampai daerah mendekati ketinggian rata-rata air laut yang tumbuh di daerah tropis dan sub-tropis.
Secara ringkas hutan mangrove dapat didefinisikan sebagai suatu tipe hutan yang tumbuh di daerah pasang surut (terutama di pantai yang terlindung, laguna, muara sungai) yang tergenang pasang dan bebas dari genangan pada saat surut yang komunitas tumbuhannya bertoleransi terhadap garam. Ada beberapa istilah lain dari hutan mangrove:
1.      Tidal Forest: Hutan pasang surut
2.      Coastal Woodland: Kebun kayu pesisir
3.      Coastal Woodland: Hutan banjir
4.      Hutan payau: Dilihat dari campuran airnya (asin dan tawar) atau dalam bahasa melayu disebut hutan paya
5.      Hutan bakau : Sebenarnya bukan istilah yang tepat karena bakau adalah salah satu jenis dari mangrove tapi istilah ini sudah berkembang secara umum di masayarakat
Adapun manfaat dan fungsi dari mangrove antara lain:
1.      Sebagai peredam gelombang dan angin, pelindung dari abrasi, penahan intrusi air laut ke darat, penahan lumpur dan perangkap sedimen.
2.      Penghasil sejumlah besar detritus (hara) bagi plankton yang merupakan sumber makanan utama biota laut.
3.      Daerah asuhan (nursery grounds), tempat mencari makan (feeding ground), dan daerah pemijahan (spawning grounds) berbagai jenis ikan, udang dan biota laut lainnya.
4.      Penghasil kayu konstruksi, kayu baker, bahan baku arang, dan bahan baku kertas.
5.      Pemasok larva (nener) ikan, udang dan biota laut lainnya.
6.      Habitat bagi beberapa satwa liar, seperti burung, reptilia (biawak, ular), dan mamalia (monyet).
7.      Sebagai tempat wisata
Indonesia merupakan negara tropis yang memiliki keanekaragaman mangrove tinggi, merupakan tipe hutan khas yang terdapat di sepanjang pantai atau muara sungai yang memenuhi beberapa kriteria.Dari 15,9 juta ha luas hutan mangrove dunia, sekitar 3,7 juta ha atau 24%-nya berada di Indonesia. Sehingga Indonesia merupakan tempat komunitas mangrove terluas di Dunia.
Hutan mangrove seringkali disebut hutan bakau, dan hutan payau. Istilah bakau umum digunakan di Indonesia karena sebagian besar hutan mangrove ditumbuhi oleh jenis bakau, bako, tinjang (Rhizophora mucronata) sehingga beberapa orang menafsirkan semua hutan mangrove adalah terdiri dari hutan bakau namun sebenarnya hutan bakau/mangrove yang umum digunakan itu terdiri dari berbagai macam jenis bila diantaranya Avicennia marina, A. alba, Bruguiera gymnorhiza, B. cylindrica , Rhizophora mucronata, R. apiculata, R, stylosa, Sonneratia alba, S. caseolaris.
B.     Mangrove di Ujungpangkah Gresik
Kawasan Pesisir utara Jawa Timur seperti Tuban, Lamongan, Gresik, Surabaya, Sidoarjo, Pasuruan, Probolinggo dan Situbondo, merupakan satu kesatuan pantai yang memiliki pola perkembangan garis pantai yang berbeda, sebagian besar dari wilayah pantai diatas memiliki ciri topografi wilayah pantai yang relatif datar dengan kemiringan 0-3 derajat, banyaknya sungai yang bermuara mengakibatkan beberapa wilayah dikawasan pessir utara jawa mengalami pertambahan luas tanah sehingga pantainya semakin menjorok kelaut (sedimentasi) garis pantai Mangrove hanya tumbuh pada wilayah pesisir. Sepanjang Pantura Jawa Timur terdapat lebih dari 25 jenis tumbuhan mangrove, tumbuhan yang ditemukan sebagian besar merupakan jenis bakau dan api-api, kedua golongan ini paling umum dijumpai dan dikenal masyarakat pesisir karena selain tumbuh alami di tepi pantai jenis ini ditanam masyarakat di tepi-tepi tambak tradisional yang difungsikan sebagai penahan pematang tambak agar tidak longsor sebagian lagi ditanam ditengah tambak untuk mengundang kawanan burung untuk bersarang dipohon, karena sebagian besar petambak di daerah Ujung Pangkah Gresik, merasakan manfaat keberadaan burung tersebut karena menurut mereka kotoran burung berpengaruh pada produksi ikan yang mereka panen.
C.    Analisis Vegetasi
Analisis vegetasi adalah cara mempelajari susunan komposisi jenis dan bentuk atau struktur vegetasi atau masyarakat tumbuhan. Berbeda dengan inventaris hutan titik beratnya terletak pada komposisi jenis pohon. Dari segi floristis ekologi untuk daerah yang homogen dapat digunakan random sampling, sedangkan untuk penelitian ekologi lebih tepat digunakan sistematik sampling, bahkan purposive sampling pun juga dibolehkan.
Beberapa sifat yang terdapat pada individu tumbuhan dalam membentuk populasinya, dimana sifat – sifatnya bila di analisa akan menolong dalam menentukan struktur komunitas. Sifat – sifat individu ini dapat dibagi atas dua kelompok besar, dimana dalam analisanya akan memberikan data yang bersifat kualitatif dan kuantitatif. Analisa kuantitatif meliputi : distribusi tumbuhan (frekuensi), kerapatan (density), atau banyaknya (abudance).
D.    Metode Kuadrat
Menurut Weaver dan Clements (1938) kuadrat adalah daerah persegi dengan berbagai ukuran. Ukuran tersebut bervariasi dari 1 dm2 sampai 100 m2. Bentuk petak sampel dapat persegi, persegi panjang atau lingkaran.
Metode kuadrat ada beberapa jenis:
a)      Liat quadrat: Spesies di luar petak sampel dicatat.
b)      Count/list count quadrat: Metode ini dikerjakan dengan menghitung jumlah spesies yang ada beberapa batang dari masing-masing spesies di dalam petak. Jadi merupakan suatu daftar spesies yang ada di daerah yang diselidiki.
c)      Cover quadrat (basal area kuadrat): Penutupan relatif dicatat, jadi persentase tanah yag tertutup vegetasi. Metode ini digunakan untuk memperkirakan berapa area (penutupan relatif) yang diperlukan tiap-tiap spesies dan berapa total basal dari vegetasi di suatu daerah. Total basal dari vegetasi merupakan penjumlahan basal area dari beberapa jenis tanaman. Cara umum untuk mengetahui basal area pohon dapat dengan mengukur diameter pohon pada tinggi 1,375 meter (setinggi dada).
d)     Chart quadrat: Penggambaran letak/bentuk tumbuhan disebut Pantograf. Metode ini ter-utama berguna dalam mereproduksi secara tepat tepi-tepi vegetasi dan menentukan letak tiap-tiap spesies yang vegetasinya tidak begitu rapat. Alat yang digunakan pantograf dan planimeter. Pantograf diperlengkapi dengan lengan pantograf. Planimeter merupakan alat yang dipakai dalam pantograf yaitu alat otomatis mencatat ukuran suatu luas bila batas-batasnya diikuti dengan jarumnya.
E.     Kerapatan, Kerimbunan, dan Frekuensi
Kerapatan adalah jumlah individu suatu jenis tumbuhan dalam suatu luasan tertentu, misalnya 100 individu/Ha. Jumlah individu yang dinyatakan dalam persatuan ruang disebut kerapatan (Odum, 1975) yang umumnya dinyatakan sebagai jumlah individu atau biomas populasi persatuan areal atau volume, misalnya 200 pohon per Ha.
Kerimbunan adalah proporsi permukaan tanah yang ditutupi oleh proyeksi tajuk tumbuhan. Oleh karena itu, kelindungan selalu dinyatakan dalam satuan persen.
Frekuensi adalah presentase total kuadrat yang berisi paling sedikit satu individu species tertentu yang berakar. Ini adalah sebagian suatu ukuran dimana peneliti relative menyebut sosiabilitas. Frekuensi relative adalah frekuensi satu spesies sebagai presentase frekuensi dibagi satu spesies sebagai presentase frekuensi total tumbuhan.
F.     Nilai Penting dan Indeks Keanekaragaman
Arti penting mengacu pada sumbangan relatif suatu spesies kepada seluruh komunitas. Nilai penting berguna untuk menetukan dominansi jenis tumbuhan terhadap jenis tumbuhan lainnya, karena dalam suatu komunitas yang bersifat heterogen data parameter vegetasi sendiri-sendiri dari nilai frekuensi, kerapatan dan dominansinya tidak dapat menggambarkan secara menyeluruh, maka untuk menentukan nilai pentingnya yang mempunyai kaitan dengan struktur komunitasnya dapat diketahui dari indeks nilai pentingnya, yaitu:
NP = FR + KR + DR

Besarnya Indeks Keanekaragaman jenis menurut Shannon-Wiener didefinisikan sebagai berikut:
Nilai H’ > 3 menunjukkan bahwa keanekaragaman spesies pada suatu transek adalah melimpah tinggi.
Nilai H’1 = H’3 menunjukkan bahwa keanekaragaman spesies pada suatu transek adalah sedang melimpah.
Nilai H’ < 1 menunjukkan bahwa keanekaragaman spesies pada suatu transek adalah sedikit atau rendah.

BAB III
METODE PENELITIAN
3.1     Metode Penelitian
Jenis metode yang digunakan dalam menguji pengaruh variabel  kerapatan relative pada indeks keanekaragaman dalam analisis vegetasi Mangrove adalah tergolong metode observasional. Dalam kajian ekologi tumbuhan, metode yang digunakan adalah metode kuadrat.
3.2     Tempat dan Waktu Penelitian
3.2.1   Waktu Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada hari Sabtu, 24 Januari 2015 pukul 08.00-11.00 WIB.
3.2.2   Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan di muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah, tepatnya di desa Pangkah Wetan Kecamatan Ujungpangkah Kabupaten Gresik. Adapun batas tempat dari muara sungai Bengawan Solo Ujungpangkah sebagai berikut:
Utara     : Laut Jawa
Selatan  : Desa Ketapang Lor
Barat     : Desa Pangkah Kulon
Timur    : Laut Jawa

3.3     Alat dan Bahan
Alat yang digunakan adalah:
1.      Meteran
2.      Tali rafia
3.      Calipers
4.      Tabel ompong

3.4     Prosedur Kerja
1.      Menyebarkan kuadrat berukuran 10 meter persegi secara acak di vegetasi mangrove.
2.   Melakukan analisis vegetasi berdasarkan variabel-variabel kerapatan, kerimbunan, dan frekuensi.
3.  Melakukan perhitungan untuk mencari harga relatif dari setiap variabel untuk setiap jenis/spesies tumbuhan.
4.  Kemudian dilanjutkan perhitungan untuk mencari harga nilai penting dari setiap jenis/spesies tumbuhan.
5.     Menyusun dalam suatu tabel jenis tumbuhan berdasarkan harga nilai penting dari harga terbesar hingga terkecil.
6.   Memberi nama bentuk vegatasi berdasarkan  jenis/spesies dengan harga nilai penting terbesar.
7.      Menghitung indeks diversitas berdasarkan rumus Shannon Wienner

DAFTAR PUSTAKA
Arsornkoae,S. 1993. Ecology and Management of Mangrove. IUCN. Bangkok. Thailand
Hariyanto, S. dkk. 2008. Teori dan Praktik Ekologi. Surabaya: Airlangga University Press.
Irwanto. 2010. Analisis Vegetasi Parameter Kuantitatif. http://www.irwantoshut.net
Macnae, W. 1968.  A General Account of the Fauna and Flora of Mangrove Swamps qnd Forest in the Indo-West Pacific Regio. Adv. Mar. Biol. 6: 73-270. 
Mulyadi. 1985. Zooplankton di Beberapa Perairan Mangrove di Indonesia. Jurnal Oseana, Volume X, Nomor 2: 78 - 84, 1985.
Odum, Eugene. 1993. Dasar-Dasar Ekologi. Yogyakarta: UGM Press.
Rohman, Fatchur dan I Wayan Sumberartha. 2001. Petunjuk Praktikum Ekologi Tumbuhan. Malang: JICA.
Saenger, P. dan Snedaker, S. C. 1993. Pantropical Trends in Mangrove Aboveground Biomass and Annual Litter Fall. Oecologia 96: 293-299.
Setiadi. 1984.  Ekologi Tropika. Bandung: ITB Press. 
Soerianegara, I. 1987. Masalah Penentuan Batas Lebar Jalur Hijau Hutan Mangrove dalam Prosiding Seminar III Ekosistem Mangrove. Jakarta: Proyek Penelitian Lingkungan Hidup-LIPI. 
Sudarmadji, 2004. Deskripsi Jenis-jenis Anggota Suku Rhizophoraceae di Hutan Mangrove Taman Nasional Baluran Jawa Timur. Jember: Jurnal Biodiversitas Volume 5, Nomor 2 Juli 2004 Halaman: 66-70

Syafei, E.S. 1994. Pengantar Ekologi Tumbuhan. Bandung: FMIPA ITB.